2026년 세제개편안 정부안 확정, 1주택자 종부세·ISA 무엇이 달라지나

핵심 요약

• 2026년 9월 1일 국무회의에서 세제개편 정부안이 확정됐지만, 아직 국회 심사가 남아 있다.
• 일반 ISA의 최대 계약기간 제한과 미사용 납입한도 이월 금지 방안은 철회돼 현행 제도가 유지된다.
• 실거주 1세대 1주택자는 종부세 기본공제가 14억 원으로 확대되고, 비거주 1주택자는 현행 12억 원을 유지하는 정부안이 확정됐다.
• 종부세 세부담 상한은 당초 200% 인상안이 철회돼 현행 150%가 유지된다.
• 장기보유 세액공제는 거주기간 중심으로 전환되고 세액공제 금액 한도가 신설될 예정이어서 장기적으로는 별도 계산이 필요하다.

2026년 세제개편안이 9월 1일 국무회의를 통과하면서 정부안의 윤곽이 확정됐습니다. 다만 여기서 말하는 '확정'은 세법 개정이 모두 끝났다는 뜻은 아닙니다. 정부가 제출할 법률안의 내용이 정해진 단계이며, 이후 국회 심사와 의결을 거쳐야 실제 법률로 확정됩니다. 정부는 관련 11개 세법 개정법률안을 9월 3일까지 국회에 제출할 예정이라고 밝혔습니다.

특히 관심이 컸던 부분은 ISA와 종합부동산세입니다. 8월 3일 발표된 최초 세제개편안에는 ISA 이용 조건을 강화하고 비거주 1주택자의 종부세 공제를 줄이는 내용이 포함됐지만, 의견 수렴 과정에서 상당 부분 수정됐습니다. 그렇다고 1주택자의 종부세 변화가 모두 사라진 것은 아닙니다. 기본공제뿐 아니라 세율, 공정시장가액비율, 장기보유·거주 세액공제까지 함께 살펴봐야 합니다.

ISA 계약기간·미사용 납입한도, 결국 현행 제도를 유지한다

일반 ISA의 총 계약기간을 제한하고 사용하지 않은 연간 납입한도의 이월을 막으려던 방안은 철회됐습니다. 최소 계약기간 이후 연장이 가능하고 미사용 납입한도도 이월할 수 있는 현행 구조가 유지됩니다.

당초 8월 발표안에서는 일반 ISA의 최초 계약기간을 3년으로 하고 총 계약기간을 5년까지로 제한하는 방안이 제시됐습니다. 연간 납입한도를 사용하지 못한 경우 다음 해로 넘기지 못하도록 하는 내용과 일몰기한을 두는 방안도 포함됐습니다. 소득이 일정하지 않은 자영업자나 프리랜서에게 불리할 수 있다는 지적이 나온 이유입니다.

9월 1일 확정된 정부안에서는 이 부분이 사실상 원상복구됐습니다. 일반 ISA는 최소 계약기간 3년 이후 최대 계약기간 제한 없이 연장할 수 있고, 사용하지 않은 연간 납입한도도 이월할 수 있는 현행 체계를 유지하는 방향입니다. ISA에 별도의 일몰을 다시 도입하려던 방안도 철회됐습니다.

신설 예정인 생산적금융 ISA도 당초 최대 계약기간과 납입한도 이월 제한을 두려던 구조에서 완화됐습니다. 청년형 생산적금융 ISA와 청년미래적금의 중복 가입도 허용하는 방향으로 수정됐습니다. 결국 이번 정부안에서 ISA는 기존 가입자의 장기 운용 자유도를 크게 떨어뜨리는 방향보다는 자산 형성 기능을 유지하는 쪽으로 조정된 셈입니다.

1주택자 종부세 기본공제, 실거주 14억·비거주 12억으로 나뉜다

비거주 1주택자의 기본공제를 9억 원으로 낮추려던 계획은 철회됐습니다. 다만 실거주자는 14억 원으로 공제가 확대되기 때문에 거주 여부에 따른 차이는 남습니다.

8월 최초 발표안에서는 1세대 1주택자가 실제 거주하면 기본공제를 현행 12억 원에서 14억 원으로 높이는 대신, 거주하지 않는 1주택자는 12억 원에서 9억 원으로 낮추는 방안이 제시됐습니다. 그러나 비거주 사유가 다양하고 우리나라의 전세·이사 현실을 충분히 반영하지 못한다는 지적이 이어졌습니다.

최종 정부안은 실거주 1세대 1주택자는 기본공제 14억 원, 비거주 1세대 1주택자는 현행 12억 원을 유지하는 방향으로 수정됐습니다. 따라서 비거주자에 대한 공제 축소는 상당 부분 철회됐지만 실거주자와 비거주자가 완전히 동일하게 적용되는 것은 아닙니다.

부부 공동명의도 구분이 필요합니다. 비거주 부부 공동명의 1주택자의 공제를 각각 4억 원으로 낮추려던 방안은 수정돼 부부 각각 6억 원으로 조정됐습니다. 반면 거주 부부 공동명의는 각각 9억 원의 기본공제가 유지되는 정부안입니다. 명의 형태만 보고 단순히 12억 원이나 18억 원을 적용하는 것이 아니라 거주 여부와 공동명의 특례 적용 여부까지 함께 확인해야 합니다.

종부세 세부담 상한 150%, 종부세 고지액만 비교하는 제도가 아니다

당초 200%로 높이려던 종부세 세부담 상한은 현행 150%로 유지됩니다. 이때 비교하는 기준은 종부세 한 항목이 아니라 재산세와 종부세를 합한 주택분 총세액 상당액입니다.

8월 발표 당시 정부는 종부세 세율 개편 효과를 반영하기 위해 세부담 상한을 현행 150%에서 200%로 높이는 방안을 제시했습니다. 9월 1일 정부안에서는 이 인상 계획을 철회해 150%를 그대로 유지하기로 했습니다.

여기서 150%라는 숫자를 '종부세가 전년보다 최대 50%만 오른다'고 단순하게 이해하면 실제 계산 구조와 차이가 생길 수 있습니다. 현행 종부세법의 세부담 상한은 해당 연도의 재산세액 상당액과 세부담 상한 적용 전 종부세액을 합한 금액을 직전연도의 재산세와 종부세 총세액 상당액과 비교하는 방식입니다. 국세청도 같은 계산 구조를 안내하고 있습니다.

따라서 종부세 고지서의 한 숫자만 전년도와 비교하는 방식으로는 정확한 부담 변화를 판단하기 어렵습니다. 공시가격, 기본공제, 공정시장가액비율, 세율, 세액공제 등이 먼저 계산되고 마지막 단계에서 세부담 상한이 적용되는 구조이기 때문입니다. 1주택자라면 '150%가 유지됐으니 앞으로 세금 변화가 거의 없다'고 해석하기보다 전체 계산 요소를 함께 보는 편이 정확합니다.

2027~2028년 종부세 세액공제, 장기보유보다 실제 거주기간이 중요해진다

이번 개편에서 1주택자가 장기적으로 확인해야 할 부분은 세액공제 구조입니다. 고령자 공제가 없어지는 것은 아니지만 장기보유 공제가 거주기간 중심으로 전환되고, 세액공제 금액에도 한도가 생기는 방향입니다.

현행 1세대 1주택자 종부세에는 연령에 따른 고령자 세액공제와 보유기간에 따른 장기보유 세액공제가 있습니다. 현행 기준에서는 고령자 공제와 장기보유 공제를 합해 최대 80% 범위에서 적용할 수 있습니다.

정부안은 장기보유 공제를 실제 거주기간에 따른 공제로 단계적으로 전환하는 방향입니다. 2027년에는 기존 보유기간 공제율을 절반 수준으로 조정한 뒤 보유기간 공제와 거주기간 공제 중 더 큰 금액을 적용하는 과도기를 두고, 2028년부터는 거주기간에 따른 공제를 중심으로 적용하는 구조가 제시됐습니다.

공제율만 바뀌는 것도 아닙니다. 세액공제 금액 자체에 2027년 800만 원, 2028년 이후 600만 원의 한도를 두는 방안도 포함됐습니다. 따라서 오랫동안 주택을 보유했지만 실제 거주기간이 짧거나 산출세액이 큰 고가주택 보유자는 현재와 같은 공제효과가 계속될 것이라고 단정하기 어렵습니다.

반대로 모든 1주택자의 세금이 일률적으로 크게 오른다고 볼 수도 없습니다. 실거주 1주택자의 기본공제 확대와 함께 세액공제, 주택가액, 거주기간, 연령에 따라 결과가 달라지기 때문입니다. 결국 앞으로는 단순히 '몇 년 보유했는가'만 보는 방식에서 벗어나 실제 거주기간까지 함께 계산해야 하는 구조로 바뀐다는 점이 핵심입니다.

정부안 확정 뒤에도 국회 심사가 남아 있다

9월 1일 국무회의 의결은 최종 입법 완료가 아닙니다. 실제 적용 여부와 세부 내용은 국회 심사 과정에서 다시 변경될 수 있습니다.

정부는 8월 3일 세제개편안을 발표한 뒤 부처협의와 입법예고, 8월 27일 차관회의를 거쳐 9월 1일 국무회의에서 정부안을 확정했습니다. 관련 11개 세법 개정법률안은 9월 3일까지 국회에 제출돼 정기국회에서 심사를 받을 예정입니다.

이미 한 차례 정부안 자체가 크게 수정됐다는 점도 중요합니다. 비거주 1주택자의 기본공제 축소, 종부세 세부담 상한 200% 인상, ISA 계약조건 강화가 의견 수렴 과정에서 모두 조정됐습니다. 세법은 발표 첫날 제목만 읽고 끝내기에는 유난히 변덕스러운 생물이라, 국회 통과 전까지는 정부안과 확정 법률을 구분해서 볼 필요가 있습니다.

상장주식 평가방법 개선과 같이 추가 협의가 예정된 사안도 있습니다. 정부 역시 당·정 협의와 의견 수렴을 거쳐 정기국회 심사 과정에서 합리적인 개선방안을 마련하겠다고 밝혔습니다. 따라서 2027년 이후 자산 계획이나 주택 보유 전략을 세울 때는 이번 정부안을 기준선으로 보되, 국회 의결 후 최종 법률을 다시 확인해야 합니다.

2026년 세제개편안 핵심정리

• ISA: 최대 계약기간 제한과 미사용 연간 납입한도 이월 금지 계획이 철회돼 현행 구조가 유지된다.
• 1주택 기본공제: 실거주자는 14억 원으로 확대하고 비거주자는 현행 12억 원을 유지하는 정부안이다.
• 세부담 상한: 200% 인상 계획을 철회하고 현행 150%를 유지한다.
• 세액공제: 장기보유 중심에서 거주기간 중심으로 단계적으로 전환하고 공제 금액 한도가 신설된다.
• 입법 단계: 국무회의에서 정부안이 확정됐지만 국회 심사 결과에 따라 최종 내용은 달라질 수 있다.

항목	정부안 핵심 내용	확인 사항
일반 ISA	계약기간·납입한도 현행 유지	미사용 한도 이월 가능
실거주 1주택	기본공제 14억 원	거주 요건 확인
비거주 1주택	기본공제 12억 원 유지	실거주자와 차이 존재
세부담 상한	150% 유지	재산세·종부세 합산 기준
1주택 세액공제	거주기간 중심으로 전환	2027~2028년 단계 적용

1주택자는 현재 고지액보다 2027년 이후 계산 구조를 봐야 한다

이번 정부안만 놓고 보면 비거주 1주택자의 기본공제 축소와 세부담 상한 인상이 철회됐기 때문에 8월 최초 발표안보다 부담이 완화됐습니다. ISA 역시 기존 장기 운용 방식을 상당 부분 유지하게 됐습니다.

하지만 종부세는 기본공제 하나만으로 결정되지 않습니다. 특히 1세대 1주택자의 장기보유 공제가 거주기간 중심으로 바뀌고 세액공제 한도까지 도입되는 정부안이 그대로 통과된다면, 동일한 1주택자라도 실제 거주기간과 주택가격에 따라 세 부담 변화가 달라질 수 있습니다.

따라서 2026년 고지서 금액만 기준으로 향후 세금을 예상하기보다는 공시가격, 거주 여부, 보유기간, 연령, 명의 형태를 함께 확인해야 합니다. 무엇보다 현재 단계는 국회 심사 전 정부안입니다. 실제 자산 처분이나 명의 변경처럼 되돌리기 어려운 결정을 내릴 때는 국회 통과 후 확정 법률과 시행시기를 다시 확인하는 것이 기준이 됩니다.

출처

재정경제부 · 2026년 세제개편안 정부안 확정

대한민국 정책브리핑 · 2026년 세제개편안 주요 내용

국세청 · 종합부동산세 계산 및 세부담 상한 안내

국가법령정보센터 · 종합부동산세법 세부담의 상한